Qualification des ADN

De la même manière que pour les ARN, la détermination de la qualité des ADN se base sur une combinaison de critères :

  • La valeur du DIN (DNA Integrity Number)
  • Le pourcentage de fragments de tailles supérieures à 10Kbp
  • Le profil électrophorétique (résultat de l’analyse à la TapeStation)

Une appréciation qualitative de type « Bon, Moyen ou Mauvais » est attribuée pour chacun des trois critères. La combinaison de ces appréciations permet d’obtenir un résultat de qualification :

Ok : Un minimum de 2 critères sur 3 sont « Bon »

No : Un minimum de 2 critères sur 3 sont « Mauvais »

Limit : Un minimum de 2 critères sur 3 sont « Moyen »

 

  • La valeur du DIN
DINNiveau d'appréciation
≥ 7Bon
6 < DIN < 7Moyen
< 6 ou NAMauvais
  • Le pourcentage de fragments de tailles supérieures à 10 Kpb
% ADN > 10Kb (= p)Niveau d'appréciation
p ≥ 60Bon
60 > p ≥ 30Moyen
p < 30Mauvais
  • Le profil électrophorétique
Qualification associée au profilDescriptionNiveau d'appréciation
Bonne qualitéPic majoritaire dans la zone >10Kpb, ligne de base plateBon
Faible qualitéPic majoritaire dans la zone >10Kpb, ligne de base élevéeMoyen
Partiellement dégradéePic présent +/- dans la zone >10Kb et ligne de base très élevée dans la zone <10Kb
Profil Inhabituel
DégradéPas de pic dans la zone >10Kb et ligne de base très élevée dans la zone <10KbMauvais
Pas de détection

La qualification donnée au profil est accompagnée d’un commentaire permettant de faire des observations sur le profil et d’apporter des informations supplémentaires à sa description.

Commentaires sur le profilDescription
Léger smearPrésence d’un léger smear avant le pic majoritaire
SmearPrésence d’un smear assez important avant le pic majoritaire
Smear importantPrésence d’un smear très important
Pic principal de petite taillePic majoritaire de taille inférieure à 15 Kpb
Contamination ARNPrésence d’un signal de contamination par des ARN