Qualification des ARN

La détermination de l’intégrité des ARN/miRNA se base sur la combinaison de plusieurs critères :

  • la valeur du ration 28S/18S
  • la valeur du RIN (RNA Integrity Number)
  • le profil électrophorétique (résultats du Bioanalyser)

Une appréciation qualitative de type « Bon, Moyen ou Mauvais » est attribuée pour chacun des trois critères. La combinaison de ces appréciations permet d’obtenir un résultat de qualification :

Ok : Un minimum de 2 critères sur 3 sont « Bon »

No : Un minimum de 2 critères sur 3 sont « Mauvais »

Limit : Un minimum de 2 critères sur 3 sont « Moyen »

 

  • La valeur du ratio 28S/18S
28S/18SNiveau d'appréciation
> 1,5Bon
1,3 < ratio < 1,5Moyen
< 1,3 ou NAMauvais
  • La valeur du RIN
RINNiveau d'appréciation
> 7Bon
6 < RIN < 7Moyen
< 6 ou NAMauvais
  • Le profil électrophorétique
Qualification associée au profilDescriptionNiveau d'appréciation
Bonne qualitéProfil présentant une ligne de base plate et un RIN > 7Bon
Faible qualitéProfil avec une ligne de base relativement hauteMoyen
Partiellement dégradéFaible dégradation (ligne de base élevée dans la "fast region")
Profil non usuel
DégradéProfil fortement ou totalement dégradéMauvais
Contamination ADNPrésence d'ADN génomique
Pas de détection

La qualification donnée au profil est accompagnée d’un commentaire permettant de faire des observations sur le profil et d’apporter des informations supplémentaires à sa description.

Commentaires sur le profilDescription
Non dénaturéPrésence d'un pic après le pic 28S (signe d'une dimérisation)
Pics décalésDécalage dans la migration de l'échantillon
Inversion dans la taille des pics 28S/18S
Petit pic 28S
Pic 28S petit et diffusPic 28S petit et avec une large base
Pic 28S doubleLe pic 28S présente un double dôme
Pics électriquesArtefact électrique
  • L’intégrité des miRNA

L’intégrité des miRNA, sous-population de l’ARN total, est appréhendée grâce aux critères suivants :

  • La qualification de l’ARN total (définie précédemment)
  • Le profil électrophorétique généré par les puces Small d’Agilent : ces puces permettent de visualiser la population des small RNA dont les miRNA font partie. La région miRNA est visible entre 10 et 40bp. Lorsqu’un échantillon est dégradé, la ligne de base du profil et la région miRNA sont d’une fluorescence élevée.