Les biopuces dédiées à l'analyse du transcriptome sont les puces commerciales Affymetrix (actuellement la puce HG U133 Plus 2.0). Ces puces offrent la possibilité d’étudier plus de 47 000 transcrits, correspondant à plus de 38 000 gènes dans chaque tumeur étudiée.

L'hybridation des échantillons tumoraux est effectuée sur la plate-forme génomique de Strasbourg (responsables : Philippe Kastner et Christelle Thibault, IGBMC).

Le choix des puces Affymetrix a fait l'objet, au sein du programme CIT, d'une étude comparative des différentes ressources commerciales disponibles.