Genome

Des biopuces pour étudier les altérations génomiques

Au démarrage du programme, l'offre commerciale disponible ne répondait pas aux objectifs. Le programme CIT a donc développé une puce CGH-BAC.

Depuis 2008, les analyses sont faites en haute résolution via la technologie "BeadArray" de la Société Illumina.

La puce CGH-BAC du programme CIT

Issue d’un partenariat entre la Ligue nationale contre le cancer, le Genoscope, l’Institut Curie et la Société Integragen, la puce CGH-CIT est dédiée à l’étude des maladies cancéreuses.

Au niveau technologique, il s’agit d’une puce d'hybridation génomique comparative ("array Comparative Genomic Hybridization").

La puce CGH-CIT a fait l'objet de plusieurs versions depuis 2003 afin d'augmenter sa densité. La version finale comporte près de 6000 BACs, présents en quadriplicats et répartis en moyenne toutes les 500 000 bases sur le génome.

La couverture est densifiée dans les régions génomiques connues pour contenir des gènes liés au cancer.

Couverture de la puce CGH-BAC CIT

Illumina : Le génotypage et la haute résolution.

La puce utilisée est la « Human CNV 370 Quad », dédiée à la maladie cancéreuse. Elle possède plus de 370 000 sondes réparties sur le génome avec une couverture médiane d’une sonde toutes les 5000 bases.

En plus d'une couverture densifiée, l'étude des "Copy Number Variants" (CNV) apporte une nouvelle dimension à l'étude du génome. En effet, en plus d'identifier les régions qui ont plus ou moins de 2 copies de gènes, il est possible de déterminer l'allélotypage d'un gène.

Les hybridations sont effectuées sur la plateforme commerciale de la Société Integragen.