La qualité des ressources biologiques constitue un élément majeur de la reproductibilité des résultats obtenus dans les études génomiques.

Dans ce but, le programme CIT a mis en place une plate-forme dédiée à l’extraction et à la qualification des ARN et des ADN (responsable: Dr Mira Ayadi, IUH - Hôpital Saint-Louis, Paris).

L'extraction des ARN et ADN est faite à partir d’un même échantillon de tissu tumoral avec des kits Qiagen QIAmp DNA Mini et RNeasy Mini, ou plus récemment avec le kit Allprep DNA/RNA Mini pour une extraction simultanée des ARNs et des ADNs. L’extraction des micro-ARN (miRNA) est réalisée indépendamment avec des kits miRNeasy Mini. La qualification permet d'évaluer le degré de contamination et de dégradation de ces ressources biologiques, notamment à partir de gels d'agarose et de profils d'electrophoregrammes (Agilent Bioanalyzer 2100).

L’ensemble des échantillons est traité sur une même plateforme avec des protocoles validés et standardisés, ce qui permet d’optimiser le rendement de la plate-forme, d’implémenter des contrôles qualité de plus en plus fins, et d’améliorer la performance des hybridations ultérieures même en cas de dégradation partielle des échantillons tumoraux. Ainsi, selon la qualité des prélèvements chirurgicaux, du volume de matériel biologique disponible et du type de pathologie étudiée, de 0 à 60% (moyenne 25%) des ARNs sont exclus par la plateforme.

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