Le programme CIT choisit des technologies commerciales et des instrumentations performantes pour réaliser les hybridations sur biopuces (en lire plus, sur les technologies utilisées, notamment 'Affymetrix GeneChip Arrays®' pour l’étude de l’expression des gènes, et 'Illumina BeadChip Arrays®' pour l’étude des allélotypes et des modifications de l’ADN). Ceci permet d’augmenter le rendement des plateformes et la reproductibilité des résultats.

Des protocoles standardisés sont mis en place à toutes les étapes du traitement (préparation des échantillons, hybridation, scan, analyse d’images, etc). Un des points clés du programme CIT® est de traiter le plus grand nombre possible d’échantillons sur la même plateforme pour minimiser les biais liés aux expériences, optimiser les paramètres des différentes étapes de traitement et permettre des contrôles qualités réguliers et de plus en plus affinés.

De janvier 2004 à janvier 2009, plus de 9000 expériences sur biopuces ont été réalisées.