Outils

Cette page recense les outils bio-informatiques développés par l’équipe CIT pour l’analyse des données génomiques.

  • FounderTracker est un programme R pour identifier des segments chromosomiques identiques par descente dans des profils SNP tumoraux, afin d’identifier des régions susceptibles de contenir des mutations fondatrices (Letouzé et al., PLoS ONE 2012).
  • citbcmst est un package R permettant de prédire les sous-types moléculaires de cancer du sein décrits dans Guedj et al. (Oncogene 2012).
  • citccmst est un package R permettant de prédire les 6 sous-types moléculaires de cancer du côlon décrits dans Marisa et al. (PLoS Medicine 2013).
  • citBladderCancerBLMST est un package R permettant de prédire si un profil d’expression de cancer de vessie est basal-like ou non, comme décrit dans Rebouissou et al. (Science Translational Medicine 2014)
  • Annotator est le système d’informations du Programme CIT (accès privé et sécurisé).
  • MCP-counter est un package R permettant d’estimer l’abondance de 10 types cellulaires (8 populations immunitaires, cellules endothéliales et fibroblastes) à partir du transcriptome de tissus humains.