MCP-counter, un outil pour mesurer l’abondance de populations cellulaires du microenvironnement tumoral

Fruit du travail mené en collaboration entre l’équipe CIT et l’équipe du Pr Hervé Fridman, le logiciel MCP-counter permet, à partir du transcriptome d’un échantillon, de mesurer en parallèle et de façon très fiable l’abondance de 10 populations cellulaires du microenvironnement tumoral (lymphocytes T, lymphocytes T CD8, cellules NK, lymphocytes cytotoxiques, lymphocytes B, lignage monocytaire, cellules myeloides dendritiques, neutrophiles, cellules endothéliales, fibroblastes). Les auteurs illustrent l’intérêt de l’outil MCP-counter pour étudier le microenvironnement tumoral, notamment immunitaire. Par l’analyse de près de 20.000 profils tumoraux, ils montrent que MCP-counter reproduit pour l’essentiel fidèlement ce que la littérature décrivait des différents types d’infiltrats et de leurs impacts pronostics dans les 32 types de cancers étudiés. Ils montrent également que classer les tumeurs à partir de l’abondance de ces 10 populations cellulaires permet d’identifier des classes aux pronostics très différents. Ce travail vient d’être accepté pour publication dans la revue Genome Biology (Becht et al. Genome Biology 2016). Par l’utilisation de cet outil, les mêmes auteurs  avaient montré (Becht et al. Clin. Cancer Res. 2016) dans les cancers du colon que l’information ainsi apportée est potentiellement très utile pour orienter le choix des immunothérapies.

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