Première analyse génomique intégrée mondiale des tumeurs adrénocorticales

Les tumeurs adrénocorticales (ACC) sont des tumeurs rares qui affectent le cortex de la glande surrénale. Le programme CIT, en collaboration avec l’équipe de Jérôme Bertherat à l’Institut Cochin, a réalisé la première analyse de ces cancers intégrant séquençage exome, analyse des aberrations chromosomiques, du méthylome, et de l’expression des gènes. Cette étude, parue dans la revue Nature Genetics, révèle de nouveaux oncogènes et suppresseurs de tumeurs, comme le gène ZNRF3, altéré dans 21% des ACC. L’analyse multi-omiques montre que ces tumeurs constituent deux entités cliniques et moléculaires totalement distinctes : les tumeurs C1A, très agressives et fortement mutées, et les tumeurs C1B, de bon pronostic, avec peu de mutations mais une forte dérégulation de l’expression des microARN.

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L’analyse génomique intégrée révèle les mécanismes oncogéniques à l’origine des adénomes hépatocellulaires et de leur progression en carcinomes

Las adénomes hépatocellulaires (AHC) sont des tumeurs hépatiques rares, généralement bénignes, mais qui progressent rarement en carcinomes hépatocellulaires agressifs. L’équipe de Jessica Zucman-Rossi, en collaboration avec le programme CIT, vient de publier la première analyse génomique intégrée des altérations génétiques et épigénétiques des CHC. Cette étude, parue dans la revue Cancer Cell, identifie de nouveaux gènes fréquemment mutés comme le gène FRK, et raffine la classification moléculaire de ces tumeurs. De plus elle révèle que l’activation successive des gènes CTNNB1 et TERT est responsable de la progression des adénomes en carcinomes.

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L’ analyse multi-omics des cancers des voies aéro-digestives supérieures (VADS) fait apparaître un sous-groupe de mauvais pronostic

L’ analyse intégrée des données de méthylation de l’ADN, d’expression des gènes et d’expression des microARN sur 100 tumeurs VADS fait apparaître un sous-groupe d’individus présentant un risque élevé de développer des métastases. Dans cette étude CIT parue dans la revue Clinical Cancer Research, nous montrons que les marqueurs moléculaires permettant de caractériser ce sous-groupe sont essentiellement impliqués dans la réponse immunitaire, la transition épithélio-mésenchymateuse et l’apoptose.

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Une nouvelle étude CIT révèle la diversité génomique des cancers du côlon

L’analyse de l’expression des gènes dans plus de 500 tumeurs du côlon collectées par un consortium d’équipes françaises révèle l’existence de 6 sous-types moléculaires distincts, avec des caractéristiques cliniques spécifiques. L’étude CIT, publiée cette semaine dans la revue PLoS Medicine, propose une nouvelle classification moléculaire permettant une compréhension plus fine de cette pathologie et ouvrant la voie à la recherche de traitements adaptés à chaque sous-type.

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Marisa, L. et al. Gene Expression Classification of Colon Cancer into Molecular Subtypes: Characterization, Validation, and Prognostic Value. PLoS Medicine 10, e1001453 (2013).

L’étude du méthylome des paragangliomes révèle un nouveau lien entre métabolisme cellulaire et épigénétique

Les gènes du complexe mitochondrial SDH, impliqué dans le cycle de Krebs, sont fréquemment mutés chez les patients atteints de paragangliomes. Dans une étude parue dans la revue Cancer Cell, réalisée avec l’équipe du professeur Anne-Paule Gimenez-Roqueplo (Hôpital Européen Georges Pompidou), nous montrons que l’inactivation de ce gène induit un phénotype hyperméthylateur associé à l’extinction de gènes clés dans la différentiation des cellules chromaffines. Cette découverte explique le rôle oncogénique de ces mutations, et suggère l’utilisation de traitements déméthylants pour soigner ces tumeurs particulièrement agressives.

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Inauguration des séminaires CIT sur la génomique des cancers

Le programme CIT inaugure une série de séminaires trimestriels sur la génomique des cancers. Ces séminaires, d’environ 1h30, auront pour objectif de présenter les récentes avancées en génomique des cancers, et en particulier les résultats issus de programme. Ils visent à favoriser les échanges entre les cliniciens et la communauté génomique, pour permettre l’application rapide de ces résultats au lit du malade.

Le premier séminaire aura lieu mercredi 29 mai, à 11h30, au siège de la Ligue (14 rue Covisart, 75013 Paris). Il portera sur le cancer du côlon avec 2 présentations :
Biomarkers and colorectal cancers: what we have, what we need? Par Pr. Pierre Laurent-Puig, Médecin gastroentérologue au service de biochimie de l’hôpital européen Georges Pompidou (Paris) et directeur de l’unité de recherche Inserm UMR-S775 à l’université de médecine Paris Descartes).

Gene expression classification of colon cancer defines six molecular subtypes with distinct clinical, molecular and survival characteristics. Par Laetitia Marisa, chercheuse au programme CIT.

Un score à 5 gènes prédit le pronostic des patients atteints de carcinome hépatocellulaire

La diversité phénotypique et moléculaire des carcinomes hépatocellulaires (CHC) rend difficile l’évaluation du pronostic en clinique. L’équipe du professeur Jessica Zucman-Rossi (INSERM U674, CEPH) et le programme CIT ont identifié une signature moléculaire, basée sur l’expression de 5 gènes, qui prédit avec précision le pronostic dans 749 patients traités par résection hépatique en Europe, aux Etats Unis et en Chine. Ce travail, publié dans la revue Gastroenterology, a fait l’objet d’une demande de brevet pour permettre une exploitation rapide en clinique.

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ATAD2, nouvelle cible thérapeutique dans les cancers du poumons

L’analyse des profils génomiques et du transcriptome d’une centaine d’adénocarcinomes du poumon, menée à l’instigation du Pr. Pierre Fouret, a mis en évidence chez les patients fumeurs, une  fréquence d’amplification élevée de l’oncogène MYC et de l’un de ses modulateurs, ATAD2. Cette étude  a révélé un rôle majeur d’ATAD2 dans le contrôle de la prolifération de ces tumeurs. Ce gène présentant 2 domaines fonctionnels constitue une nouvelle cible thérapeutique qui pourrait permettre de pallier l’absence d’inhibiteurs spécifiques de MYC. [Clinical Cancer Research]

La délétion du gène CDKN2A est associé à la progression invasive des cancers de vessie mutés FGFR3

La plupart de cancers de vessie se présentent sous la forme de tumeurs superficielles de stade Ta. Ces tumeurs présentent des mutations du gène FGFR3 dans 75% des cas. De bas grade, elles récidivent fréquemment mais restent généralement superficielles. Cependant, 5 à 10% de ces tumeurs évoluent à des stades invasifs, menaçant le pronostic vital du patient. Cette étude, réalisée par l’équipe du Dr. François Radvanyi, à l’Institut Curie, en collaboration avec le programme CIT, montre que la perte du gène CDKN2A est très fréquemment impliquée dans ces progressions, et constitue donc un marqueur pronostic très intéressant pour ces tumeurs. Ces travaux sont parus cette semaine dans la revue J Pathol.

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La première analyse intégrée exome-SNP révèle de nouveaux gènes clé dans les carcinomes hépatocellulaires

La première analyse intégrant le séquençage exome et l’analyse des aberrations chromosomiques par puce SNP dans les carcinomes hépatocellulaires (CHC) vient d’être publiée dans Nature Genetics par l’équipe du professeur Jessica Zucman-Rossi (INSERM U674, CEPH), en collaboration avec le programme CIT. Ce travail définit les gènes clés de la carcinogenèse hépatique, et identifie de nouveaux gènes (ARID1A, RPS6KA3, NFE2L2 et IRF2) et voies cellulaires impliqués dans le développement de ces tumeurs.

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