La diversité phénotypique et moléculaire des carcinomes hépatocellulaires (CHC) rend difficile l’évaluation du pronostic en clinique. L’équipe du professeur Jessica Zucman-Rossi (INSERM U674, CEPH) et le programme CIT ont identifié une signature moléculaire, basée sur l’expression de 5 gènes, qui prédit avec précision le pronostic dans 749 patients traités par résection hépatique en Europe, aux Etats Unis et en Chine. Ce travail, publié dans la revue Gastroenterology, a fait l’objet d’une demande de brevet pour permettre une exploitation rapide en clinique.

L’analyse de l’expression des gènes dans plus de 500 tumeurs du côlon collectées par un consortium d’équipe françaises révèle pour la première fois l’existence de 6 sous-types moléculaires distincts, avec des caractéristiques cliniques spécifiques. L’étude CIT, publiée cette semaine dans la revue PLoS Medicine, propose une nouvelle classification moléculaire permettant une compréhension plus fine de cette pathologie.

Les gènes du complexe SDH sont fréquemment mutés chez les patients atteints de paragangliomes. Dans une étude à paraître dans la revue Cancer Cell, réalisée avec l’équipe du professeur Anne-Paule Gimenez-Roqueplo (Hôpital Européen Georges Pompidou), nous montrons que l’inactivation de ce gène induit un phénotype hyperméthylateur associé à l’extinction de gènes clés dans la différentiation des cellules chromaffines. Cette découverte explique le rôle oncogénique de ces mutations, et suggère l’utilisation de traitements déméthylants pour soigner ces tumeurs agressives.

L’analyse des profils génomiques et du transcriptome d’une centaine d’adénocarcinomes du poumon, menée à l’instigation du Pr. Pierre Fouret, a mis en évidence chez les patients fumeurs, une  fréquence d’amplification significativement plus élevée de l’oncogène MYC et de l’un de ses modulateurs, ATAD2. Cette étude  a révélé un rôle majeur d’ATAD2 dans le contrôle de la prolifération de ces tumeurs. Ce gène présentant 2 domaines fonctionnels constitue une nouvelle cible thérapeutique qui pourrait permettre de pallier l’absence d’inhibiteurs spécifiques de MYC. [Clinical Cancer Research]

La plupart de cancers de vessie se présentent sous la forme de tumeurs superficielles de stade Ta. Ces tumeurs présentent des mutations du gène FGFR3 dans 75% des cas. De bas grade, elles récidivent fréquemment mais restent généralement superficielles. Cependant, 5 à 10% de ces tumeurs évoluent à des stades invasifs, menaçant le pronostic vital du patient. Cette étude, réalisée par l’équipe du Dr. François Radvanyi, à l’Institut Curie, en collaboration avec le programme CIT, montre que la perte du gène CDKN2A est très fréquemment impliquée dans ces progressions, et constitue donc un marqueur pronostic très intéressant pour ces tumeurs. Ces travaux sont parus cette semaine dans la revue J Pathol.

La première analyse intégrant le séquençage exome et l’analyse des aberrations chromosomiques par puce SNP dans les carcinomes hépatocellulaires (CHC) vient d’être publiée dans Nature Genetics par l’équipe du professeur Jessica Zucman-Rossi (INSERM U674, CEPH) et le programme CIT. Ce travail définit les gènes clés de la carcinogenèse hépatique, et identifie de nouveaux gènes (ARID1A, RPS6KA3, NFE2L2 et IRF2) et voies cellulaires impliqués dans le développement de ces tumeurs.

Une mutation est dite fondatrice lorsque plusieurs individus l’ont héritée d’un même ancêtre commun. Détecter ces mutations permet de comprendre l’enrichissement de certains cancers dans les populations, et d’identifier de nouveaux gènes de prédisposition à la maladie. Dans cette étude publiée dans la revue PLoS ONE, nous montrons que ces mutations peuvent être identifiées en recherchant de longs haplotypes conservés dans les profils SNP des tumeurs. En appliquant cette méthode à deux types de cancers, nous retrouvons des mutations héréditaires connues. La méthode est en accès libre sur le site CIT.

Les profils d’expression de 355 tumeurs du sein, réunies par un consortium d’équipes françaises, ont été analysées par le programme CIT, révélant une classification en 6 groupes moléculaires distincts. Cette étude, parue cette semaine dans la revue Oncogene, permet de mieux comprendre la diversité des cancers du sein, afin d’adapter la prise en charge aux caractéristiques de chaque tumeur.

Les phéochromocytomes et paragangliomes sont des tumeurs neuroendocrines rares, fréquemment associées à des mutations germinales dans les gènes VHL, RET, NF1, et SDHx. L’analyse du transcriptome et des aberrations chromosomiques dans la plus grande cohorte mondiale de ces cancers, réunie par le réseau COMETE, identifie 5 groupes moléculaires distincts, fortement associés aux mutations connues, et impliquant des voies cellulaires distinctes. Ce travail, impliquant l’équipe du professeur Anne-Paule Gimenez-Roqueplo (Paris Centre de recherche Cardiovasculaire, Hôpital Européen Georges Pompidou) et le programme CIT, vient d’être publiée dans la revue Hum Mol Genet.